專利舉發案經審定舉發不成立後，舉發人不服提起訴願，再經訴願決定駁回，舉發人又提起行政訴訟，
依智慧財產案件審理法第33條規定：「關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷或廢止理由提出之新證據，智慧財產法院仍應審酌之。智慧財產專責機關就前項新證據應提出答辯書狀，表明他造關於該證據之主張有無理由」，舉發人得於訴訟中提出新證據供承審法院審酌。
又法院審酌新證據後認為該專利不具有效性，法院究竟應作成「訴願決定及原處分均撤銷。智慧局應就系爭專利舉發案作成舉發成立之處分。」之判決，亦或「訴願決定及原處分均撤銷。智慧局應就系爭專利舉發案依本判決之法律見解另為處分。原告其餘之訴駁回。」之判決?涉及專利權人得否在舉發行政訴訟結束後另提出更正聲請之重要事項，如認為智慧局應就舉發案作成舉發成立之處分，專利權人自無可能另為更正專利範圍之申請。反之，如認為智慧局應依判決之法律見解另為處分，專利權人仍得於智慧局審查程序申請更正專利範圍。
歷年實務見解如最高行政法院99年度判字1332號判決認為，應由智慧局就舉發申請依原審判決之法律見解另為適法之處分(參照下圖示意)。有認為採取此見解之理由在於尊重行政機關之判斷餘地，另一方面基於武器平等原則，賦予專利權人有答辯及更正請求項之機會。
然而最高行政法院104年度4月份第1次庭長法官聯席會議（二）決議認為，若法院依訴訟階段始提出之新證據認為該專利不具有效性，且於程序中：(1)經法院適當曉諭爭點、(2)經當事人充分辯論、(3)專利權人自行判斷後，復未向法院表明已向智慧局提出更正之申請時，法院得為原告全部勝訴之判決，亦即撤銷舉發不成立之原處分及訴願決定，並命智慧局為「舉發成立，系爭專利撤銷」之處分。其理由主要為，在專利舉發訴訟中，智慧局為被告，專利權人為參加人，均應就舉發證據為必要之答辯，就新證據之攻擊防禦，應無突襲之虞。
最高行政法院之決議在實務上對下級法院向來有實質的拘束力，因此104年度4月份第1次庭長法官聯席會議（二）決議變動了智慧財產法院歷來的多數見解，使專利權人於舉發行政訴訟應自行判斷是否提出更正申請，且於言詞辯論終結前，專利權人如未申請更正，法院無庸告知即得依原申請專利範圍審理判決，該變動對專利權人之影響甚巨，專利權人不得不慎!
